A Pénzügyi Igazgatóság a gazdasági vezető irányítása alatt álló gazdálkodási egység, amely a pénzügyi igazgató vezetésével, a hozzá tartozó osztályszintű szervezeti egységek közreműködésével látja el a Miskolci Egyetem valamennyi tevékenysége vonatkozásában a pénzügyi, számviteli, kontrolling és beszerzési feladatokat.
A Pénzügyi és Számviteli Osztály a pénzügyi igazgató irányítása alatt álló szervezeti egység, amely a pénzügyi és számviteli osztályvezető vezetésével végzi tevékenységét. A Miskolci Egyetem valamennyi tevékenysége vonatkozásban ellátja a pénzügyi és számviteli feladatokat.
A Kontrolling Osztály a pénzügyi igazgató irányítása alatt álló szervezeti egység, amely a kontrolling osztályvezető vezetésével végzi tevékenységét. A Miskolci Egyetem valamennyi tevékenysége vonatkozásban ellátja az intézményi és a projekt kontrolling feladatokat.
A Beszerzési és Közbeszerzési Osztály a pénzügyi igazgató irányítása alatt álló szervezeti egység, amely a beszerzési osztályvezető vezetésével végzi tevékenységét. Ellátja és koordinálja a Miskolci Egyetemen a beszerzési és közbeszerzési tevékenységet, továbbá a nemzetközi utazásszervezéshez kapcsolódó feladatokat.